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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | 1. Mi-temps | » 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Augsburg | 29 | 17 | 9 | 3 | 32:10 | 22 | 60 |
| 2 |
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Hertha BSC | 29 | 15 | 7 | 7 | 31:14 | 17 | 52 |
| 3 |
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MSV Duisburg | 29 | 13 | 9 | 7 | 28:16 | 12 | 48 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 29 | 14 | 6 | 9 | 32:21 | 11 | 48 |
| 5 |
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SpVgg Greuther Fürth | 29 | 13 | 8 | 8 | 22:14 | 8 | 47 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 29 | 10 | 13 | 6 | 24:18 | 6 | 43 |
| 7 |
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VfL Bochum | 29 | 11 | 10 | 8 | 20:16 | 4 | 43 |
| 8 |
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Erzgebirge Aue | 29 | 11 | 9 | 9 | 21:22 | -1 | 42 |
| 9 |
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1. FC Union Berlin | 29 | 11 | 8 | 10 | 22:19 | 3 | 41 |
| 10 |
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Alemannia Aachen | 29 | 8 | 14 | 7 | 28:26 | 2 | 38 |
| 11 |
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Fortuna Düsseldorf | 29 | 10 | 8 | 11 | 20:25 | -5 | 38 |
| 12 |
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VfL Osnabrück | 29 | 10 | 6 | 13 | 23:30 | -7 | 36 |
| 13 |
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FSV Frankfurt | 29 | 8 | 8 | 13 | 23:28 | -5 | 32 |
| 14 |
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SC Paderborn 07 | 29 | 7 | 9 | 13 | 18:25 | -7 | 30 |
| 15 |
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Rot-Weiß Oberhausen | 29 | 7 | 7 | 15 | 14:32 | -18 | 28 |
| 16 |
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Arminia Bielefeld | 29 | 5 | 11 | 13 | 15:27 | -12 | 26 |
| 17 |
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FC Ingolstadt 04 | 29 | 5 | 10 | 14 | 19:30 | -11 | 25 |
| 18 |
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Karlsruher SC | 29 | 4 | 12 | 13 | 20:39 | -19 | 24 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation | |
| Relégation |
