1. Journée 26.07.2008 Jahn Regensburg - FC Carl Zeiss Jena 2:2
2. Journée 02.08.2008 FC Carl Zeiss Jena - Erzgebirge Aue 3:2 carton jaune
3. Journée 15.08.2008 Rot-Weiß Erfurt - FC Carl Zeiss Jena 2:1
4. Journée 23.08.2008 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Emden 1:1
5. Journée 29.08.2008 Bayern München II - FC Carl Zeiss Jena 2:1 carton jaune
6. Journée 14.09.2008 FC Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart II 0:6
7. Journée 20.09.2008 Kickers Offenbach - FC Carl Zeiss Jena 2:1 carton jaune
8. Journée 28.09.2008 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Union Berlin 1:2
9. Journée 03.10.2008 Wuppertaler SV - FC Carl Zeiss Jena 0:1 carton jaune
10. Journée 19.10.2008 FC Carl Zeiss Jena - Dynamo Dresden 0:0
11. Journée 25.10.2008 Eintracht Braunschweig - FC Carl Zeiss Jena 1:2 but carton rouge
17. Journée 29.11.2008 FC Carl Zeiss Jena - Fortuna Düsseldorf 1:0 carton jaune
19. Journée 13.12.2008 FC Carl Zeiss Jena - SV Sandhausen 2:0 but
20. Journée 20.12.2008 FC Carl Zeiss Jena - Jahn Regensburg 0:0
22. Journée 14.02.2009 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiß Erfurt 1:1
23. Journée 21.02.2009 Kickers Emden - FC Carl Zeiss Jena 3:1 carton jaune
24. Journée 01.03.2009 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 0:2
21. Journée 04.03.2009 Erzgebirge Aue - FC Carl Zeiss Jena 5:0
25. Journée 08.03.2009 VfB Stuttgart II - FC Carl Zeiss Jena 3:0
26. Journée 15.03.2009 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Offenbach 0:2 carton jaune
28. Journée 28.03.2009 FC Carl Zeiss Jena - Wuppertaler SV 0:0
29. Journée 31.03.2009 Dynamo Dresden - FC Carl Zeiss Jena 2:0
30. Journée 07.04.2009 FC Carl Zeiss Jena - Eintracht Braunschweig 2:0 but
31. Journée 11.04.2009 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 0:2
33. Journée 25.04.2009 FC Carl Zeiss Jena - Werder Bremen II 3:1 carton jaune
34. Journée 02.05.2009 SC Paderborn 07 - FC Carl Zeiss Jena 2:0
35. Journée 05.05.2009 FC Carl Zeiss Jena - Stuttgarter Kickers 0:0
36. Journée 13.05.2009 Fortuna Düsseldorf - FC Carl Zeiss Jena 1:0
37. Journée 16.05.2009 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Unterhaching 4:3 but
38. Journée 23.05.2009 SV Sandhausen - FC Carl Zeiss Jena 2:2