| 5. Journée | 27.08.2016 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 09.09.2016 | VfR Aalen | - | Hansa Rostock | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | Hansa Rostock | - | Sportfreunde Lotte | 1:3 |  |
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| 9. Journée | 25.09.2016 | Hansa Rostock | - | FSV Zwickau | 5:0 | |
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| 13. Journée | 29.10.2016 | Hansa Rostock | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 05.11.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Hansa Rostock | 1:1 | |
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| 16. Journée | 25.11.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 1:1 | |
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| 17. Journée | 03.12.2016 | Hansa Rostock | - | Holstein Kiel | 1:4 | ||||
| 27. Journée | 15.03.2017 | Hansa Rostock | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 20.03.2017 | FSV Zwickau | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 29. Journée | 25.03.2017 | Hansa Rostock | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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| 30. Journée | 02.04.2017 | VfL Osnabrück | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 22.04.2017 | Werder Bremen II | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 35. Journée | 29.04.2017 | Hansa Rostock | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:3 | ||||
| 36. Journée | 06.05.2017 | Holstein Kiel | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 37. Journée | 13.05.2017 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 | ||||
| 38. Journée | 20.05.2017 | Chemnitzer FC | - | Hansa Rostock | 2:0 | |
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