| 4. Journée | 28.08.2009 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | 1:3 | ||||
| 6. Journée | 07.09.2009 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 7. Journée | 13.09.2009 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 1:0 |  |
|||
| 1. Journée | 16.09.2009 | Hannover 96 II | - | FC St. Pauli II | 0:0 | |
|||
| 8. Journée | 19.09.2009 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 25.09.2009 | FC St. Pauli II | - | TeBe Berlin | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 04.10.2009 | ZFC Meuselwitz | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 16.10.2009 | FC St. Pauli II | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 12. Journée | 25.10.2009 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 13. Journée | 31.10.2009 | FC St. Pauli II | - | Türkiyemspor Berlin | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 06.11.2009 | Hansa Rostock II | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 22.11.2009 | FC St. Pauli II | - | VFC Plauen | 3:2 | ||||
| 16. Journée | 27.11.2009 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 05.12.2009 | FC St. Pauli II | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 27.03.2010 | TeBe Berlin | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 02.04.2010 | FC St. Pauli II | - | ZFC Meuselwitz | 0:2 |
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