| 2. Journée | 07.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Auerbach | 2:0 | ||||
| 3. Journée | 10.08.2016 | FSV Budissa Bautzen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 |  |
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| 5. Journée | 27.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | Union Fürstenwalde | 4:0 | ||||
| 12. Journée | 30.10.2016 | FC Oberlausitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
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| 17. Journée | 11.12.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | BFC Dynamo | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 26.02.2017 | Union Fürstenwalde | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 23. Journée | 05.03.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSG Neustrelitz | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 12.03.2017 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 19. Journée | 22.03.2017 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 26.03.2017 | SV Babelsberg 03 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
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| 26. Journée | 02.04.2017 | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 28. Journée | 13.04.2017 | Wacker Nordhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:4 | |
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| 29. Journée | 19.04.2017 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Oberlausitz | 3:1 | ||||
| 30. Journée | 23.04.2017 | 1. FC Lok Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 |
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