| 8. Journée | 16.09.2006 | Holstein Kiel | - | 1. FC Union Berlin | 0:4 | ||||
| 11. Journée | 14.10.2006 | 1. FC Union Berlin | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 |  |
|||
| 17. Journée | 18.11.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | VfB Lübeck | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 01.12.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 28. Journée | 28.03.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Union Berlin | 0:3 | ||||
| 32. Journée | 21.04.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 28.04.2007 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 05.05.2007 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 | ||||
| 35. Journée | 11.05.2007 | 1. FC Union Berlin | - | Wuppertaler SV | 0:3 | ||||
| 36. Journée | 19.05.2007 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 26.05.2007 | 1. FC Union Berlin | - | VfB Lübeck | 1:1 |
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