| 2. Journée | 30.08.2011 | SG Sonnenhof Großaspach | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:0 | ||||
| 7. Journée | 10.09.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 4:3 | ||||
| 9. Journée | 24.09.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1899 Hoffenheim II | 0:5 | ||||
| 11. Journée | 05.10.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Hessen Kassel | 3:1 | ||||
| 12. Journée | 11.10.2011 | SC Pfullendorf | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 14. Journée | 22.10.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Stuttgarter Kickers | 0:2 | ||||
| 16. Journée | 06.11.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 12.11.2011 | Karlsruher SC II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 19.11.2011 | Waldhof Mannheim | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 04.12.2011 | SC Freiburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 21. Journée | 10.12.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern Alzenau | 4:1 | ||||
| 22. Journée | 04.03.2012 | FSV Frankfurt II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 24.03.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 26. Journée | 31.03.2012 | 1899 Hoffenheim II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 |
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