| 6. Journée | 13.08.2016 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:3 | ||||
| 11. Journée | 17.09.2016 | Wacker Burghausen | - | TSV Buchbach | 3:0 |  |
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| 12. Journée | 24.09.2016 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 29.10.2016 | Wacker Burghausen | - | VfR Garching | 3:1 | ||||
| 22. Journée | 03.03.2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
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| 23. Journée | 11.03.2017 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Nürnberg II | 3:1 | ||||
| 24. Journée | 18.03.2017 | Wacker Burghausen | - | SV Seligenporten | 3:3 | ||||
| 25. Journée | 24.03.2017 | FV Illertissen | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 07.04.2017 | TSV Buchbach | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 30. Journée | 22.04.2017 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:2 | |
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| 31. Journée | 28.04.2017 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Bayreuth | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 01.05.2017 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 | ||||
| 29. Journée | 09.05.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 6:0 | |
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| 33. Journée | 13.05.2017 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 |
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