| 1. Journée | 25.07.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 2. Journée | 28.07.2009 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 | ||||
| 4. Journée | 16.08.2009 | Bayern München II | - | Dynamo Dresden | 0:0 |  |
|||
| 5. Journée | 22.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 6. Journée | 29.08.2009 | Bayern München II | - | Wuppertaler SV | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 01.09.2009 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:4 | ||||
| 8. Journée | 06.09.2009 | Bayern München II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 17.10.2009 | Bayern München II | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 24.10.2009 | Borussia Dortmund II | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 31.10.2009 | Bayern München II | - | Holstein Kiel | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 07.11.2009 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 21.11.2009 | Bayern München II | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 |
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