| 4. Journée | 15.09.2006 | Rot-Weiss Essen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:4 | ||||
| 5. Journée | 24.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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| 6. Journée | 01.10.2006 | TSV 1860 München | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 27.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | TuS Koblenz | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 08.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 12.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:1 |
Allemagne