| 20. Journée | 28.01.2017 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 04.02.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 04.03.2017 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 11.03.2017 | SC Paderborn 07 | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 15.03.2017 | Chemnitzer FC | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 18.03.2017 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 0:2 |  |
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| 29. Journée | 25.03.2017 | Hansa Rostock | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
|
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| 30. Journée | 01.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | SG Sonnenhof Großaspach | 1:2 | ||||
| 31. Journée | 05.04.2017 | Hallescher FC | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 08.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 | ||||
| 33. Journée | 15.04.2017 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 4:0 | ||||
| 34. Journée | 22.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Lotte | 3:1 | ||||
| 35. Journée | 28.04.2017 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 36. Journée | 06.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 13.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 20.05.2017 | VfL Osnabrück | - | SC Paderborn 07 | 0:0 |
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