| 20. Journée | 03.12.2011 | Karlsruher SC II | - | Bayern München II | 1:4 | ||||
| 21. Journée | 12.12.2011 | Bayern München II | - | Waldhof Mannheim | 2:2 | ||||
| 22. Journée | 02.03.2012 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Bayern München II | 3:2 |  |
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| 23. Journée | 11.03.2012 | Bayern München II | - | SC Freiburg II | 3:0 | ||||
| 24. Journée | 17.03.2012 | Bayern Alzenau | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 25.03.2012 | Bayern München II | - | FSV Frankfurt II | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 01.04.2012 | Eintracht Frankfurt II | - | Bayern München II | 2:1 | |
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| 27. Journée | 05.04.2012 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:3 |  |
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| 29. Journée | 15.04.2012 | Bayern München II | - | 1899 Hoffenheim II | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 21.04.2012 | Wormatia Worms | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 29.04.2012 | Bayern München II | - | Hessen Kassel | 1:2 | ||||
| 32. Journée | 04.05.2012 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 11.05.2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 2:0 |
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