| 3. Journée | 12.08.2000 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 |  |
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| 4. Journée | 16.08.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 26.08.2000 | Eintracht Trier | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 01.09.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 08.10.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 | ||||
| 33. Journée | 23.05.2001 | FC Carl Zeiss Jena | - | TSV 1860 München II | 1:2 |
Allemagne