| 3. Journée | 01.08.1987 | 1. FC Saarbrücken | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 20.02.1988 | FC St. Pauli | - | 1. FC Saarbrücken | 2:0 | ||||
| 23. Journée | 27.02.1988 | SpVgg Bayreuth | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 25. Journée | 12.03.1988 | Kickers Offenbach | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 30. Journée | 09.04.1988 | FC St. Pauli | - | SV Meppen | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 16.04.1988 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 23.04.1988 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 3:1 |  |
|||
| 33. Journée | 04.05.1988 | SV Darmstadt 98 | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 34. Journée | 07.05.1988 | FC St. Pauli | - | Stuttgarter Kickers | 0:2 | ||||
| 35. Journée | 14.05.1988 | SC Freiburg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 18.05.1988 | Blau-Weiß 90 Berlin | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 37. Journée | 24.05.1988 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 2:0 | ||||
| 38. Journée | 29.05.1988 | SSV Ulm 1846 | - | FC St. Pauli | 0:1 |
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