| 1. Journée | 11.08.2006 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 3. Journée | 25.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln | 3:2 | ||||
| 4. Journée | 15.09.2006 | Rot-Weiss Essen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:4 | ||||
| 5. Journée | 24.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 01.10.2006 | TSV 1860 München | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 15.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 0:2 | ||||
| 8. Journée | 20.10.2006 | Karlsruher SC | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:1 | ||||
| 10. Journée | 03.11.2006 | Hansa Rostock | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 08.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 12.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:1 | ||||
| 13. Journée | 17.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Freiburg | 2:1 | ||||
| 14. Journée | 24.11.2006 | MSV Duisburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:0 |  |
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| 15. Journée | 03.12.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:2 | |
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| 16. Journée | 08.12.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |
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