| 6. Journée | 06.09.2003 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 0:5 | ||||
| 10. Journée | 15.10.2003 | FC Schalke 04 II | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 17. Journée | 22.11.2003 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 20. Journée | 28.02.2004 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 02.04.2004 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 16.04.2004 | FC St. Pauli | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 25.04.2004 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 31. Journée | 15.05.2004 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 22.05.2004 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 30.05.2004 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 1:1 |  |
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| 34. Journée | 05.06.2004 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 3:2 |
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