| 5. Journée | 20.08.2016 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Schalke 04 II | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 17.09.2016 | Wuppertaler SV | - | FC Schalke 04 II | 0:2 |  |
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| 10. Journée | 24.09.2016 | FC Schalke 04 II | - | Viktoria Köln | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 02.10.2016 | Fortuna Düsseldorf II | - | FC Schalke 04 II | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 15.10.2016 | SV Rödinghausen | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 23.10.2016 | FC Schalke 04 II | - | Rot Weiss Ahlen | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 29.10.2016 | SC Verl | - | FC Schalke 04 II | 2:1 |  |
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| 19. Journée | 03.12.2016 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 19.02.2017 | SG Wattenscheid 09 | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 11.03.2017 | FC Schalke 04 II | - | SC Wiedenbrück | 1:2 |  |
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| 30. Journée | 23.04.2017 | FC Schalke 04 II | - | SV Rödinghausen | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 28.04.2017 | Rot Weiss Ahlen | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | |
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| 32. Journée | 06.05.2017 | FC Schalke 04 II | - | SC Verl | 0:0 | |
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| 22. Journée | 10.05.2017 | FC Schalke 04 II | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2017 | Alemannia Aachen | - | FC Schalke 04 II | 3:2 |
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