| 1. Journée | 26.07.2008 | SpVgg Unterhaching | - | Werder Bremen II | 3:0 | ||||
| 10. Journée | 19.10.2008 | Werder Bremen II | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 |  |
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| 11. Journée | 24.10.2008 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 01.11.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2008 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 28.02.2009 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 03.03.2009 | SV Sandhausen | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 34. Journée | 03.05.2009 | Werder Bremen II | - | VfR Aalen | 3:1 |  |
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| 35. Journée | 08.05.2009 | Wacker Burghausen | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 37. Journée | 16.05.2009 | Werder Bremen II | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 | ||||
| 38. Journée | 23.05.2009 | Fortuna Düsseldorf | - | Werder Bremen II | 1:0 |
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