| 7. Journée | 13.09.1998 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayer Leverkusen II | 4:3 | ||||
| 10. Journée | 04.10.1998 | Bayer Leverkusen II | - | FC Remscheid | 5:0 | ||||
| 12. Journée | 18.10.1998 | Bayer Leverkusen II | - | FSV Salmrohr | 4:1 | ||||
| 15. Journée | 07.11.1998 | Bayer Leverkusen II | - | SC Verl | 0:3 | ||||
| 16. Journée | 15.11.1998 | SV 07 Elversberg | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 12.12.1998 | Wuppertaler SV | - | Bayer Leverkusen II | 4:0 | ||||
| 25. Journée | 21.03.1999 | SC Paderborn 07 | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 14.04.1999 | Bayer Leverkusen II | - | LR Ahlen | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 02.05.1999 | Bayer Leverkusen II | - | FC 08 Homburg | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 16.05.1999 | SC Verl | - | Bayer Leverkusen II | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 24.05.1999 | Bayer Leverkusen II | - | SV 07 Elversberg | 3:0 | ||||
| 21. Journée | 12.06.1999 | Eintracht Trier | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 |
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