4. Journée 20.08.1999 Bayern München II - TSV 1860 München II 1:3
5. Journée 28.08.1999 FC Augsburg - Bayern München II 0:2
6. Journée 31.08.1999 Bayern München II - Borussia Fulda 7:1
7. Journée 08.09.1999 1. FC Schweinfurt 05 - Bayern München II 4:1 carton jaune
8. Journée 12.09.1999 Bayern München II - VfR Aalen 3:2
9. Journée 17.09.1999 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 2:0
12. Journée 09.10.1999 Bayern München II - VfR Mannheim 2:2
13. Journée 17.10.1999 Bayern München II - SSV Reutlingen 0:3
14. Journée 24.10.1999 VfB Stuttgart II - Bayern München II 3:0
15. Journée 31.10.1999 Bayern München II - FSV Frankfurt 5:2
16. Journée 06.11.1999 Quelle Fürth - Bayern München II 3:3
17. Journée 14.11.1999 Bayern München II - SC Pfullendorf 1:0
20. Journée 05.12.1999 Bayern München II - Karlsruher SC II 0:1
19. Journée 01.03.2000 Wacker Burghausen - Bayern München II 2:0 carton jaune
21. Journée 05.03.2000 TSV 1860 München II - Bayern München II 4:3 carton jaune
22. Journée 12.03.2000 Bayern München II - FC Augsburg 3:0 carton jaune
23. Journée 17.03.2000 Borussia Fulda - Bayern München II 1:0
24. Journée 25.03.2000 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 2:0
26. Journée 12.04.2000 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 5:0
27. Journée 16.04.2000 SV Lohhof - Bayern München II 1:3
28. Journée 23.04.2000 Bayern München II - TSF Ditzingen 2:1
29. Journée 28.04.2000 VfR Mannheim - Bayern München II 3:3 carton jaune
30. Journée 06.05.2000 SSV Reutlingen - Bayern München II 3:1
31. Journée 14.05.2000 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:6 carton jaune
33. Journée 21.05.2000 Bayern München II - Quelle Fürth 3:0
34. Journée 27.05.2000 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1