| 24. Journée | 08.03.2025 | Eintracht Münchberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:4 | ||||
| 26. Journée | 22.03.2025 | ASV Neumarkt | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:2 |  |
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| 27. Journée | 29.03.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Kornburg | 3:0 |  |
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| 29. Journée | 13.04.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger FV | 2:2 | |
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| 31. Journée | 25.04.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | ATSV Erlangen | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 02.05.2025 | TSV Neudrossenfeld | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 33. Journée | 10.05.2025 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:2 | |
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| 34. Journée | 17.05.2025 | ASV Cham | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | |
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