| 13. Journée | 15.10.2005 | Chemnitzer FC | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 22.10.2005 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 29.10.2005 | Holstein Kiel | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 11.12.2005 | Werder Bremen II | - | Hamburger SV II | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 11.03.2006 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Werder Bremen II | 1:0 |  |
|||
| 28. Journée | 18.03.2006 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 2:1 |  |
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| 29. Journée | 26.03.2006 | Bayer Leverkusen II | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 29.03.2006 | Werder Bremen II | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 02.04.2006 | Werder Bremen II | - | Hertha BSC II | 2:1 | |
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| 31. Journée | 08.04.2006 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 15.04.2006 | Werder Bremen II | - | Chemnitzer FC | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 18.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 37. Journée | 20.05.2006 | Rot-Weiss Essen | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 38. Journée | 27.05.2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Köln II | 2:2 |
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