| 15. Journée | 31.01.2016 | VfL Wolfsburg [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 5:1 | ||||
| 17. Journée | 20.02.2016 | Hertha BSC [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 28.02.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | 1. FC Union Berlin [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 06.03.2016 | Hamburger SV [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 13.03.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | VfL Osnabrück [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 24.03.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | Dynamo Dresden [B-jeun] | 3:0 |  |
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| 21. Journée | 02.04.2016 | Eintracht Braunschweig [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 3:1 | ||||
| 22. Journée | 09.04.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | TeBe Berlin [B-jeun] | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 16.04.2016 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 23.04.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | 1. FC Magdeburg [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 25. Journée | 28.05.2016 | Werder Bremen [B-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | 4:2 | ||||
| 26. Journée | 05.06.2016 | FC Carl Zeiss Jena [B-jeun] | - | RB Leipzig [B-jeun] | 0:2 |
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