| 1. Journée | 08.08.2011 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 2. Journée | 12.08.2011 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 19.08.2011 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 2:5 |  |
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| 26. Journée | 01.04.2012 | Eintracht Frankfurt II | - | Bayern München II | 2:1 |  |
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| 27. Journée | 05.04.2012 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:3 | ||||
| 28. Journée | 10.04.2012 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 0:1 | |
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| 29. Journée | 15.04.2012 | Bayern München II | - | 1899 Hoffenheim II | 1:1 | |
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| 30. Journée | 21.04.2012 | Wormatia Worms | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 32. Journée | 04.05.2012 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 2:0 |
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