| 2. Journée | 09.08.2003 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 1:1 |  |
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| 3. Journée | 17.08.2003 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 23.08.2003 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:0 | |
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| 5. Journée | 26.08.2003 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV II | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 06.09.2003 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli | 0:5 | ||||
| 7. Journée | 13.09.2003 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiss Essen | 1:2 | ||||
| 8. Journée | 20.09.2003 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 27.09.2003 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 10.10.2003 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | |
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| 13. Journée | 24.10.2003 | FC St. Pauli | - | 1. FC Köln II | 4:0 | |
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| 14. Journée | 02.11.2003 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 07.11.2003 | FC St. Pauli | - | VfR Neumünster | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 15.11.2003 | KFC Uerdingen 05 | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 19. Journée | 06.12.2003 | Preußen Münster | - | FC St. Pauli | 2:0 |
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