| 3. Journée | 22.08.2009 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 6. Journée | 20.09.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 26.09.2009 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 8. Journée | 04.10.2009 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 25.10.2009 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 1:1 |  |
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| 12. Journée | 06.11.2009 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | ||||
| 14. Journée | 29.11.2009 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 17. Journée | 20.12.2009 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 22. Journée | 12.02.2010 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 22.02.2010 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 24. Journée | 28.02.2010 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 07.03.2010 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 14.03.2010 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:3 | |
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| 29. Journée | 05.04.2010 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:0 |
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