| 1. Journée | 02.08.2003 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 3. Journée | 17.08.2003 | Bayern München II | - | 1. FC Saarbrücken | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 21.09.2003 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 3:0 | ||||
| 10. Journée | 05.10.2003 | Bayern München II | - | 1. FC Eschborn | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 11.10.2003 | SV 07 Elversberg | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 13. Journée | 24.10.2003 | TSG Hoffenheim | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 02.11.2003 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 5:1 | ||||
| 16. Journée | 15.11.2003 | Bayern München II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 18.11.2003 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 21. Journée | 07.03.2004 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 3:3 |  |
|||
| 25. Journée | 04.04.2004 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayern München II | 1:4 | ||||
| 26. Journée | 08.04.2004 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 3:1 | ||||
| 24. Journée | 14.04.2004 | Bayern München II | - | Stuttgarter Kickers | 0:2 | ||||
| 30. Journée | 09.05.2004 | Bayern München II | - | TSG Hoffenheim | 6:2 | |
|||
| 32. Journée | 23.05.2004 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 1:0 |
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