| 13. Journée | 28.10.2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 04.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Hertha BSC II | 2:0 | ||||
| 19. Journée | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 07.12.2006 | Hamburger SV II | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 |  |
|||
| 26. Journée | 17.03.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 38. Journée | 02.06.2007 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:1 |
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