| 21. Journée | 26.11.2016 | TSV Buchbach | - | FC Augsburg II | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 04.03.2017 | FC Augsburg II | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 10.03.2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 0:2 | ||||
| 24. Journée | 18.03.2017 | TSV 1860 München II | - | FC Augsburg II | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 01.04.2017 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 Rosenheim | 4:1 | ||||
| 27. Journée | 08.04.2017 | VfR Garching | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 13.04.2017 | FC Augsburg II | - | FC Memmingen | 3:1 | ||||
| 29. Journée | 17.04.2017 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Augsburg II | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 21.04.2017 | SV Seligenporten | - | FC Augsburg II | 0:4 | ||||
| 31. Journée | 28.04.2017 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 32. Journée | 05.05.2017 | FC Augsburg II | - | SpVgg Bayern Hof | 2:0 |  |
|||
| 33. Journée | 13.05.2017 | SV Schalding-Heining | - | FC Augsburg II | 4:4 | ||||
| 34. Journée | 18.05.2017 | FC Augsburg II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 4:0 |
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