| 1. Journée | 05.08.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Saarbrücken | 0:3 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2006 | Sportfreunde Siegen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 18.08.2006 | FK Pirmasens | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 26.08.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | Stuttgarter Kickers | 2:4 | ||||
| 6. Journée | 02.09.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | FC Ingolstadt 04 | 2:3 |  |
|||
| 7. Journée | 08.09.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München II | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 23.09.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | TSG Hoffenheim | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | SV 07 Elversberg | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2006 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Kaiserslautern II | 4:0 | ||||
| 14. Journée | 03.11.2006 | VfB Stuttgart II | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 07.11.2006 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | |
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| 27. Journée | 14.04.2007 | FC Ingolstadt 04 | - | SV 07 Elversberg | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 20.04.2007 | VfR Aalen | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | |
|||
| 33. Journée | 26.05.2007 | SV Darmstadt 98 | - | FC Ingolstadt 04 | 2:2 | ||||
| 34. Journée | 02.06.2007 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Pfullendorf | 1:1 |
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