| 1. Journée | 07.08.2009 | FC St. Pauli | - | Rot Weiss Ahlen | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 17.08.2009 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 0:5 | ||||
| 3. Journée | 22.08.2009 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 28.08.2009 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:4 |  |
|||
| 18. Journée | 16.01.2010 | Rot Weiss Ahlen | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 25. Journée | 07.03.2010 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 14.03.2010 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:3 | ||||
| 27. Journée | 19.03.2010 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 28.03.2010 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 05.04.2010 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:0 | |
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| 30. Journée | 12.04.2010 | FC St. Pauli | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 31. Journée | 17.04.2010 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 32. Journée | 23.04.2010 | FC St. Pauli | - | TuS Koblenz | 6:1 | ||||
| 33. Journée | 02.05.2010 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 34. Journée | 09.05.2010 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 1:2 |
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