| 19. Journée | 20.02.2004 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 27.02.2004 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayern München II | 1:1 |  |
|||
| 26. Journée | 08.04.2004 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 3:1 | ||||
| 28. Journée | 23.04.2004 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 09.05.2004 | Bayern München II | - | TSG Hoffenheim | 6:2 | ||||
| 31. Journée | 15.05.2004 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 32. Journée | 23.05.2004 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 29.05.2004 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Bayern München II | 0:3 |
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