| 20. Journée | 20.12.1998 | Sportfreunde Siegen | - | SC Paderborn 07 | 1:0 |  |
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| 22. Journée | 28.02.1999 | Alemannia Aachen | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 24. Journée | 14.03.1999 | FC 08 Homburg | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | |
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| 25. Journée | 21.03.1999 | SC Paderborn 07 | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 | ||||
| 26. Journée | 28.03.1999 | SC Verl | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 01.04.1999 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Kaiserslautern II | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 11.04.1999 | SC Paderborn 07 | - | SV 07 Elversberg | 2:0 |
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