| 14. Journée | 22.10.2016 | SC Wiedenbrück | - | Bonner SC | 1:3 | ||||
| 15. Journée | 28.10.2016 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bonner SC | 1:2 | ||||
| 16. Journée | 05.11.2016 | Bonner SC | - | Wuppertaler SV | 3:0 | ||||
| 17. Journée | 12.11.2016 | Viktoria Köln | - | Bonner SC | 5:0 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2016 | Fortuna Düsseldorf II | - | Bonner SC | 3:0 |  |
|||
| 19. Journée | 04.12.2016 | Bonner SC | - | Rot-Weiss Essen | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 10.12.2016 | SV Rödinghausen | - | Bonner SC | 3:2 | ||||
| 26. Journée | 13.02.2017 | 1. FC Köln II | - | Bonner SC | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 18.02.2017 | Rot Weiss Ahlen | - | Bonner SC | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 11.03.2017 | Borussia Dortmund II | - | Bonner SC | 2:0 | ||||
| 25. Journée | 19.03.2017 | Bonner SC | - | FC Schalke 04 II | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 01.04.2017 | Bonner SC | - | Sportfreunde Siegen | 4:2 | ||||
| 28. Journée | 08.04.2017 | SG Wattenscheid 09 | - | Bonner SC | 3:0 | ||||
| 29. Journée | 13.04.2017 | Bonner SC | - | Rot-Weiß Oberhausen | 2:5 | ||||
| 30. Journée | 22.04.2017 | TSG Sprockhövel | - | Bonner SC | 0:2 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2017 | Wuppertaler SV | - | Bonner SC | 0:0 | ||||
| 34. Journée | 20.05.2017 | Bonner SC | - | Viktoria Köln | 2:0 |
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