| 1. Journée | 31.07.2016 | Werder Bremen II | - | Sportfreunde Lotte | 0:3 | ||||
| 2. Journée | 06.08.2016 | Sportfreunde Lotte | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 09.08.2016 | Holstein Kiel | - | Sportfreunde Lotte | 3:1 | ||||
| 4. Journée | 12.08.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 |  |
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| 5. Journée | 27.08.2016 | Chemnitzer FC | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | |
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| 9. Journée | 24.09.2016 | Hallescher FC | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 | |
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| 13. Journée | 29.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Fortuna Köln | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 04.12.2016 | Sportfreunde Lotte | - | MSV Duisburg | 0:2 | ||||
| 21. Journée | 04.02.2017 | SV Wehen Wiesbaden | - | Sportfreunde Lotte | 0:3 | ||||
| 24. Journée | 08.03.2017 | Sportfreunde Lotte | - | Chemnitzer FC | 3:0 | |
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| 26. Journée | 11.03.2017 | Sportfreunde Lotte | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 25.03.2017 | FSV Frankfurt | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 15.04.2017 | Sportfreunde Lotte | - | FSV Zwickau | 2:1 |
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