| 2. Journée | 05.08.2016 | Fortuna Köln | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 13.08.2016 | Fortuna Köln | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Köln | 2:2 |  |
|||
| 8. Journée | 21.09.2016 | Fortuna Köln | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 12. Journée | 22.10.2016 | Fortuna Köln | - | VfR Aalen | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Fortuna Köln | 0:1 | ||||
| 14. Journée | 05.11.2016 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 25.02.2017 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 03.03.2017 | Chemnitzer FC | - | Fortuna Köln | 3:1 | ||||
| 38. Journée | 20.05.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Fortuna Köln | 4:0 |
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