| 2. Journée | 06.08.2016 | SC Paderborn 07 | - | 1. FSV Mainz 05 II | 3:1 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | Werder Bremen II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 |  |
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| 10. Journée | 02.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 16.10.2016 | Chemnitzer FC | - | 1. FSV Mainz 05 II | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 23.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2016 | Hansa Rostock | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | |
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| 15. Journée | 19.11.2016 | Hallescher FC | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:0 | ||||
| 16. Journée | 27.11.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FSV Frankfurt | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 11.12.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 09.04.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Hansa Rostock | 2:4 | ||||
| 33. Journée | 15.04.2017 | SG Sonnenhof Großaspach | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:1 |
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