| 1. Journée | 13.07.2013 | SV Heimstetten | - | Bayern München II | 0:6 | ||||
| 4. Journée | 26.07.2013 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 0:5 | ||||
| 9. Journée | 17.08.2013 | Bayern München II | - | Viktoria Aschaffenburg | 6:0 | ||||
| 12. Journée | 03.09.2013 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 16. Journée | 27.09.2013 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 04.10.2013 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 20. Journée | 27.10.2013 | Bayern München II | - | SV Heimstetten | 5:0 | ||||
| 21. Journée | 02.11.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 4:3 | ||||
| 25. Journée | 29.11.2013 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:3 |  |
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| 18. Journée | 03.12.2013 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 1:3 |
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