| 21. Journée | 08.02.2009 | Jahn Regensburg | - | VfR Aalen | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 10.03.2009 | Werder Bremen II | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 26. Journée | 14.03.2009 | SpVgg Unterhaching | - | Jahn Regensburg | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 18.03.2009 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:4 | ||||
| 27. Journée | 21.03.2009 | Jahn Regensburg | - | SV Sandhausen | 2:1 |  |
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| 28. Journée | 28.03.2009 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | |
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| 29. Journée | 31.03.2009 | Erzgebirge Aue | - | Jahn Regensburg | 1:0 |  |
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| 30. Journée | 07.04.2009 | Jahn Regensburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | |
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| 32. Journée | 19.04.2009 | Jahn Regensburg | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 33. Journée | 24.04.2009 | VfB Stuttgart II | - | Jahn Regensburg | 1:2 | |
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| 34. Journée | 02.05.2009 | Jahn Regensburg | - | Kickers Offenbach | 1:1 | |
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| 35. Journée | 09.05.2009 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 36. Journée | 12.05.2009 | Jahn Regensburg | - | Wuppertaler SV | 2:0 | |
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| 37. Journée | 16.05.2009 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 38. Journée | 23.05.2009 | Jahn Regensburg | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | |
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