| 6. Journée | 25.08.2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 7. Journée | 29.08.2012 | Wacker Burghausen | - | Hansa Rostock | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 01.09.2012 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 9. Journée | 15.09.2012 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 22.09.2012 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2012 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:1 | ||||
| 12. Journée | 29.09.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 0:3 |  |
|||
| 13. Journée | 06.10.2012 | Wacker Burghausen | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 20.10.2012 | Stuttgarter Kickers | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
|||
| 15. Journée | 27.10.2012 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 1:3 | |
|||
| 16. Journée | 02.11.2012 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 17. Journée | 10.11.2012 | Wacker Burghausen | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 01.12.2012 | Preußen Münster | - | Wacker Burghausen | 2:0 |
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