| 2. Journée | 09.08.2006 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 3. Journée | 12.08.2006 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 19.08.2006 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2006 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:2 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 17.11.2006 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 19. Journée | 02.12.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 08.12.2006 | FC St. Pauli | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 17.02.2007 | FC St. Pauli | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 21.02.2007 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:1 |
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