| 21. Journée | 21.02.1999 | SC Paderborn 07 | - | FC Remscheid | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 28.02.1999 | Alemannia Aachen | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 23. Journée | 07.03.1999 | SC Paderborn 07 | - | FSV Salmrohr | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 21.03.1999 | SC Paderborn 07 | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 |  |
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| 26. Journée | 28.03.1999 | SC Verl | - | SC Paderborn 07 | 2:1 |  |
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| 18. Journée | 01.04.1999 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Kaiserslautern II | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 09.05.1999 | SC Paderborn 07 | - | LR Ahlen | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 16.05.1999 | Eintracht Trier | - | SC Paderborn 07 | 5:0 | |
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| 33. Journée | 24.05.1999 | SC Paderborn 07 | - | Borussia Dortmund II | 2:1 |
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