| 12. Journée | 14.09.2012 | SC Eltersdorf | - | FC Augsburg II | 4:1 | ||||
| 13. Journée | 21.09.2012 | FC Augsburg II | - | FC Memmingen | 1:1 |  |
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| 14. Journée | 29.09.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 07.10.2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Augsburg II | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 13.10.2012 | FC Augsburg II | - | TSV Buchbach | 1:2 |  |
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| 21. Journée | 10.11.2012 | FC Ismaning | - | FC Augsburg II | 1:2 | |
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| 28. Journée | 16.03.2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Augsburg II | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 23.03.2013 | FC Augsburg II | - | SV Heimstetten | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 12.04.2013 | FC Memmingen | - | FC Augsburg II | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 27.04.2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Augsburg II | 2:0 |
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