| 25. Journée | 22.03.2006 | TuS Koblenz | - | SC Pfullendorf | 1:1 |  |
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| 24. Journée | 28.03.2006 | SC Pfullendorf | - | SV 07 Elversberg | 3:1 | |
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| 26. Journée | 31.03.2006 | SC Pfullendorf | - | FC Augsburg | 2:2 | |
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| 21. Journée | 05.04.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 0:0 | ||||
| 27. Journée | 08.04.2006 | SpVgg Bayreuth | - | SC Pfullendorf | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 15.04.2006 | SC Pfullendorf | - | 1. FC Eschborn | 2:0 | ||||
| 23. Journée | 09.05.2006 | TSG Hoffenheim | - | SC Pfullendorf | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 13.05.2006 | SC Pfullendorf | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 20.05.2006 | Eintracht Trier | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2006 | SC Pfullendorf | - | Jahn Regensburg | 0:0 |
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