| 20. Journée | 14.02.2010 | FC St. Pauli II | - | Goslarer SC | 2:1 |  |
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| 25. Journée | 20.03.2010 | FC St. Pauli II | - | FC Oberneuland | 4:4 | ||||
| 26. Journée | 27.03.2010 | TeBe Berlin | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 30.03.2010 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 0:0 |  |
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| 27. Journée | 02.04.2010 | FC St. Pauli II | - | ZFC Meuselwitz | 0:2 | ||||
| 28. Journée | 11.04.2010 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 14.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Chemnitzer FC | 3:1 | |
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| 29. Journée | 17.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 0:3 | |
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| 24. Journée | 21.04.2010 | VfL Wolfsburg II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 30. Journée | 25.04.2010 | Türkiyemspor Berlin | - | FC St. Pauli II | 3:3 | ||||
| 22. Journée | 28.04.2010 | Hertha BSC II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | |
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| 31. Journée | 02.05.2010 | FC St. Pauli II | - | Hansa Rostock II | 1:2 | |
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| 33. Journée | 22.05.2010 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 0:3 | |
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| 34. Journée | 29.05.2010 | SV Babelsberg 03 | - | FC St. Pauli II | 4:1 | |
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