| 5. Journée | 28.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | Kickers Offenbach [B-jeun] | 2:0 |  |
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| 11. Journée | 30.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | VfB Stuttgart [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 12. Journée | 06.12.2008 | SC Freiburg [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 14.12.2008 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | SpVgg Greuther Fürth [B-jeun] | 0:0 | |
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| 15. Journée | 21.02.2009 | 1899 Hoffenheim [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 0:3 | |
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| 16. Journée | 01.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | TSV 1860 München [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 17. Journée | 07.03.2009 | SSV Ulm 1846 [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 0:0 | |
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| 19. Journée | 22.03.2009 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | 1. FC Saarbrücken [B-jeun] | 1:2 |  |
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| 20. Journée | 05.04.2009 | 1. FC Kaiserslautern [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 2:0 | |
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| 23. Journée | 17.05.2009 | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | - | Bayern München [B-jeun] | 2:3 | ||||
| 24. Journée | 24.05.2009 | VfB Stuttgart [B-jeun] | - | 1. FSV Mainz 05 [B-jeun] | 5:2 | |
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