| 3. Journée | 16.08.2008 | Jahn Regensburg | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 19.09.2008 | Bayern München II | - | Werder Bremen II | 1:1 |  |
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| 8. Journée | 26.09.2008 | Werder Bremen II | - | VfB Stuttgart II | 4:5 | ||||
| 9. Journée | 04.10.2008 | Kickers Offenbach | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 10. Journée | 19.10.2008 | Werder Bremen II | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 24.10.2008 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 01.11.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Werder Bremen II | 1:1 | |
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| 14. Journée | 08.11.2008 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 12.11.2008 | Werder Bremen II | - | Dynamo Dresden | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 15.11.2008 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 1:0 | |
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| 17. Journée | 28.11.2008 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 16. Journée | 03.12.2008 | Werder Bremen II | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 07.12.2008 | Stuttgarter Kickers | - | Werder Bremen II | 3:2 | ||||
| 19. Journée | 14.12.2008 | Werder Bremen II | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 20.12.2008 | Werder Bremen II | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 | |
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