| 10. Journée | 29.10.2008 | SSV Reutlingen | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 02.11.2008 | Viktoria Aschaffenburg | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 | ||||
| 12. Journée | 08.11.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | TSV Großbardorf | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 15.11.2008 | SV Darmstadt 98 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 22.11.2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden II | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2008 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 13.12.2008 | 1. FC Nürnberg II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 6:1 |  |
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| 23. Journée | 21.03.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SC Freiburg II | 5:1 |
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