| 2. Journée | 29.07.2009 | VfB Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 08.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:2 | ||||
| 6. Journée | 29.08.2009 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 7. Journée | 01.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 8. Journée | 05.09.2009 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:2 |  |
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| 9. Journée | 12.09.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 07.11.2009 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 | |
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| 33. Journée | 10.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Kickers Offenbach | 0:2 | ||||
| 34. Journée | 14.04.2010 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:3 | ||||
| 35. Journée | 17.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SpVgg Unterhaching | 2:4 | ||||
| 28. Journée | 21.04.2010 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 24.04.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:2 | ||||
| 37. Journée | 30.04.2010 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Dynamo Dresden | 3:0 | ||||
| 38. Journée | 08.05.2010 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:2 |
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