| 1. Journée | 01.08.1998 | Borussia Fulda | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 08.08.1998 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 3:1 | ||||
| 23. Journée | 20.03.1999 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 24. Journée | 27.03.1999 | Bayern München II | - | SC Neukirchen | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 03.04.1999 | TSF Ditzingen | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 11.04.1999 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 1:3 | ||||
| 27. Journée | 17.04.1999 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 02.05.1999 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 07.05.1999 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 31. Journée | 12.05.1999 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:5 | ||||
| 32. Journée | 16.05.1999 | Waldhof Mannheim | - | Bayern München II | 2:0 |  |
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| 33. Journée | 21.05.1999 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 0:1 | |
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| 34. Journée | 28.05.1999 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:2 |  |
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